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所谓冻干机的自动控制应该包括二个部分，一是冻干机的各设备按冻干工艺要求在规定的时间自动走停，二是冻干箱板层温度按冻干曲线要求自动跟踪，整个冻干进程不需要人工操作，当然如果需要也可进行人工干预。但有些冻干机的自动控制是不完全的，仅能自动跟踪冻干曲线，其余部分需人工操作。
有些冻干机的自动控制仅能到冻干结束，冻干结束之后的箱内压塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自动进行，需要人工操作，特别是蒸汽消毒部分，因涉及到许多阀门控制，人工操作比较麻烦，应该选择自动消毒程序的冻干机。
有些冻干机的自动控制是使用微机，操作、编程方便，显示的语言是冻干语言，还带有荧光屏，打印机和软盘，能同时储存几十个冻程序，每个程序内容可显示，整个程序内容可由打印机打出。而有冻干机的自动控制使用的是一种仪表，操作、编程均较麻烦，可储存的冻干程序也较少。
记录仪表对冻干机来说也是一个很重要的仪器，它能把整个冻干的实际过空地记录下来，以便日后存查，记录仪表大都采用多点记录仪，它既能打点，又能直接进行文字记录，还有数字显示系统。
实验室的冻干机经过几年的发展，目前在国内已经接近饱和状态，现在进入中试和生产阶段，中试型冻干机采用干燥室和冷阱分开设计，用硅油作为热量的传导介质，既有利于节约能源，还能加快生产速度（配有电加热化霜），而且还容易清洁。可以根据实验或者生产的要求是否配置自动压塞功能。这种冻干机配置灵活，性能优异，节能环保，符合绝大多数的实验和中试的生产要求。是目前比较先进的冻干机。

实验系列冻干机追求的性能指标是体积小、重量轻、功能多、性能稳定、测试系统准确度高，是一机多用，能适应多种物料的冻干实验。实验系列冻干机种类的主要划分方法有：
1、从功能
普通搁板型：物料散装于物料盘中，适用于食品、中草药、粉末材料的冻干。
带压盖装置型：适合西林瓶装物料的干燥，冻干准备时，按需要将物料分装在西林瓶中，浮盖好瓶盖后进行冷冻干燥，干燥结束后操作压盖机构压紧瓶盖，可避免二次污染、重新吸附水分，易于长期保存。
多歧管型：在干燥室外部接装烧瓶，对旋冻在瓶内壁的物料进行干燥，这时烧瓶作为容器接在干燥箱外的歧管上，烧瓶中的物料靠室温加热，通过多歧管开关装置，可按需要随时取下或装上烧瓶，不需要停机。
带预冻功能型：物料预冻过程，冷阱作为预冻腔预冻物料，在干燥过程，冷阱为捕水器，捕获物料溢出的水分。带预冻功能的冻干机，冷冻干燥过程物料的预冻、干燥等均在冻干机上完成，冻干机使用效率高，节省了低温冰箱的费用。
2、从结构
钟罩型冻干机：冻干腔和冷阱为分立的上下结构，冻干腔没有预冻功能。该类型的冻干机在物料预冻结束后转入干燥过程时需要人工操作。大部分实验型冻干机都为钟罩型，其结构简单、造价低。冻干腔多数使用透明**玻璃罩，便于观察物料的冻干情况。
原位型冻干机：冻干腔和冷阱为两个独立的腔体，冻干腔中的搁板带制冷功能，物料置入冻干腔后，物料的预冻、干燥过程*人工操作。该类型冻干机的制作工艺复杂，制造成本高，但原位型冻干机是冻干机发展方向，是进行冻干工艺摸索的理想选择，特别适用于医药、生物制品及其他特殊产品的冻干。
a、普通型b、多歧管型c、压盖型

真空冷冻干燥技术在生物工程、医药工业、食品工业、材料科学和农副产品深加工等领域有着广泛的应用。
药品冷冻干燥包括西药和中药两部分。西药冷冻干燥在国内已经得到了一定的发展，很多较大型的制药厂都有冷冻干燥设备。在针剂方面，冷冻干燥工艺采用的比较多，提高了药品质量和储存期限，给医患双方都带来了利益。但目前冻干药品的品种不多，产品价格高，干燥工艺不先进。在中面，目前还只局限在人参、鹿茸、山药、冬虫夏草等少量中药材的冻干，大量的中成药还没有采用冻干工艺，与国外差距较大。日本几年前就开展了“汉药西制”，改变了中药的熬制方法，解决了中药不能制成针剂或片剂的传统，也解决了中药不治急病的难题，因此我国中药冻干工艺及产品的研究很有潜力可挖。
在生物技术产品领域，冻干技术主要用于血清、血浆、疫苗、酶、抗生素、激素等药品的生产；生物化学的检查药品、*学及学的检查药品；血液、、动脉、骨骼、皮肤、角膜、神经组织及各种器官长期保存等。

冻干技术的应用和设备是分不开的，到目前为止，冻干设备的形式主要分为间歇式和连续式两大类，设备的规模从不到一平方米到几十平方米都有。
间歇式冻干设备
间歇式冻干设备适合多品种小批量生产，特别是在食品领域适用于季节性强的食品生产。采用单机操作，如果一台设备发生故障，不会影响其它设备的正常运行。间歇式冻干设备便于控制物料干燥时不同阶段的加热温度和真空度的要求。设备的加工制造和维修保养易于进行。但由于装料、卸料、起动等操作占用时间较多，因此设备利用率低，生产效率也不高。

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